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生物数据分析技能2.0实训会(总第26期)

点击次数:903 发布日期:2023/07/28 来源:华斯泰

生物体通过调控不同基因表达而实现生长发育和抵御刺激等生命活动,科研人员可借此从前所未有的广度和深度来研究生物体运行机制。转录组测序(mRNA、lncRNA、circRNA)是其中应用最为广泛的高通量检测基因表达技术,尤其是非编码RNA发挥着更重要的调控作用,从而发现疾病病因学、临床诊断标志物、治疗或作用靶点识别与功能预测、遗传调控机制等,因此以海量数据挖掘与解析为主体内容的整合转录组学分析技能就成为科研必要手段。本课程曾先后用名《基因序列分析技术》和《功能基因组信息分析技术》,后将上述两门课程整合为《生物数据分析技能》。升级为2.0版本后将递进式专注讲解高通量表达数据解析:表达数据挖掘→共表达(聚类、富集、相互作用)分析→构建调控网络→揭示通路机制。授课沿用主讲教师独创的TPS(Teaching-Practicing-Showing)教学模式,着力于以真实问题为引线,将理论授课与上机实践有机地融为一体,逐步介绍涉及的各项技能,指导学员在“零基础、零语言”前提下将其快速融会贯通并应用到课题研究中。TPS教学模式多年来在本科、研究生教学及各期各类培训会议中取得了极佳的教学效果,受到广大学员的一致好评和推崇。

参会方式:
面授:(江苏·南京)   远程:(腾讯会议)
参会时间:

2023年10月27(周五报到)28、29(共授课2天,线上、线下同步授课)
主办单位
北京华斯泰生物医学科技有限公司、合肥华斯泰生物医学科技有限公司
培训日程
日期
时间
授课题目 授课内容
10月27日
15:00-21:00
报到、领取资料
10月28日
08:00-09:00
软件安装、调试

09:00-12:00
表达谱差异数据挖掘
  • 差异表达基因集(DEGs)分析策略
  • GEO数据库检索基因芯片表达数据并利用GEO2R在线工具筛选差异表达基因集
  • 基于转录组测序结果直接筛选差异表达基因集并预测非编码RNA调控靶基因
14:00-16:00
表达谱数据聚类分析
  • 利用ArrayTools软件(设置各项参数)处理基因芯片表达数据
  • 表达数据聚类分析
  • 聚类图形优化与导出
16:00-18:00 基因集功能富集分析
  • 利用DAVID、Metascape在线工具进行基因集功能富集分析(GO MF、GO BP、GO CC;KEGG及Reactome Pathway)
  • 基因集韦恩图分析
  • 基因集ID批量转换
10月29日
09:00-11:00
基因集相互作用分析
  • 利用String在线工具(设置各项参数)获得基因集相互作用结果
11:00-12:00
13:30-16:30
交互作用数据可视化
  • 利用Cytoscape软件进行基因注释、分子间相互作用、基因集差异表达的可视化分析。
  • 批量修改交互网络的节点、边、背景属性。
  • 利用Cytoscape App进行基因集交互网络的GO富集分析、文本挖掘、枢纽/瓶颈/核心基因及关键基因筛选。
  • 构建基因集差异共表达“Pathway-Key gene-lncRNA/circRNA”调控网络
  • 高分辨率可视化结果的保存与输出
16:30-17:30
集中答疑
  • 针对本课程和学员本人课题答疑
具体事宜:
1. 严格按照培训日程授课(20个标准学时)。需自备笔记本电脑(非上网本),操作系统为Win7及以上(非Mac系统),办公软件为Office 2007及以上(非WPS Office)。
2. 授课幻灯、软件(附安装指南)及上机实践文档已上传至百度网盘,在报到通知中会告知链接及密码。软件请事先下载并安装,如安装有问题,请咨询客服或开课当天到会场咨询。
3. 培训期间提供午餐。主办单位可为学员代订房间,费用自理;学员也可自行上网预订。住宿费发票由酒店开具。对于需要合住的学员,会务组将按报到先后顺序安排,最后出现单人无法安排的情况,需要自补房间差价。
4. 欢迎学员现场咨询本人课题。结课后,学员仍可通过微信群与主讲教师团队继续交流。

会议费用:
3200元/人,同一单位3人以上参会优惠至3000元/人,往期线上学员可以免学费参加线下会议1次(差旅费、住宿费、餐费自理)。授课期间发放纸质邀请函(盖章)和发票。
1.网上汇款或银行转账

户 名:合肥华斯泰生物医学科技有限公司
开户行:中国银行合肥临泉路支行
帐 号:181246448304
2.支付宝账号
名字:合肥华斯泰生物医学科技有限公司
账号:kf@Huasitai.com
注:汇款时请务必注明“生物数据”和学员姓名,汇款后将回单电子邮件发给我们,以便我们确认。

联系方式:
联系人:章老师
手机号:13121195178(微信同号)
E-mailinfo@huasitai.com
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