日期
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时间
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授课内容
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9月15日
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8:30-12:00
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1.分子对接基础知识 2.分子结构文件的获取和处理 ●化合物结构的获取 ●化合物ADMET性质预测 ●多肽结构的获取 ●蛋白结构的获取 ●蛋白结构的同源建模 ●不同格式结构文件的转换 3.PyMol软件介绍 ●蛋白对象的操作、展现、隐藏、标记、测量 ●分子对接结果的美化展示 4.配体-受体结合位点可视化分析工具介绍 |
12:00-14:00
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午间休息
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14:00-17:30
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1.用AutoDock及autoDock vina进行小分子与蛋白对接 ●准备工作 ●准备受体文件 ●准备配体文件 ●确定对接盒子 ●蛋白受体格点计算 ●设置对接参数 ●用AutoDock作分子对接 ●结果查看与分析 ●用AutoDock vina 作对接 ●确定对接盒子的其他方法 2.用AutoDock Vina 作虚拟筛选 ●蛋白活性口袋的预测 ●化合物的下载与处理 ●AutoDock vina 进行一对多或多对多的对接 ●计算redocking多个pose的RMSD ●虚拟筛选 |
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9月16日
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8:30-12:00
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1.金属酶蛋白与小分子对接 ●用AutoDock4Zn作对接的方法 ●用AotoDock vina作对接的方法 ●金属离子与蛋白结合位点预测与对接 2.蛋白-小分子柔性对接 3.蛋白-多肽对接 ●用免费在线平台作对接 ●用ADCP作对接—结合位点已知的情况 ●用ADCP作对接—结合位点未知的情况 4.蛋白-蛋白对接 |
12:00-14:00
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午间休息 | |
14:00-18:00
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AlphaFold3在CADD中的应用 1.AlphaFold3简介 2.蛋白结构预测 3.糖基化蛋白结构预测 4.蛋白-金属离子相互作用预测 5.蛋白-RNA相互作用预测 6.蛋白-DNA相互作用预测 7.蛋白-多肽相互作用预测 8.蛋白-蛋白相互作用预测 9.蛋白-化合物相互作用预测 10.应用ChatGPT编写分子对接相关程序 11.批量构建和上传预测任务 |