点击次数:2602 发布日期:2015/12/03 来源:华斯泰
日期
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授课题目
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授课内容
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第一天
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生物信息学导论
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1.生物信息学发展简史(重点讲解) 2.生物信息学主要研究领域(重点讲解) 3.生物信息学软件和工具 4.生物信息学重要会议 |
生物信息学基础
(上机操作) |
1、linux基础 掌握Linux系统下的常用命令(重点) 掌握linux环境下软件的安装使用 了解shell脚本的编写 2、perl基础 介绍Perl 的基本元素 Perl在生物信息中应用示例(DNA复制、DNA转录、RNA翻译) |
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第二天
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二代测序技术原理及基因组拼接
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1、介绍目前主流二代测序仪的测序原理 2、主要操作流程及特点 3、序列拼接的技术方法 4、常用软件及全基因组个性化组装的技巧 |
基因组拼接组装(以细菌/病毒为例)
(上机操作) |
1、全基因组组装的流程介绍 2、原始测序数据的预处理 3、分别介绍Velvet和SOAPdenovo的使用,并以一株细菌的测序数据为例进行组装 4、介绍Newbler的是使用,并以一个IonTorrent测序的噬菌体数据为例进行组装 5、以细菌的数据为例,介绍填补gap的方法,包括延伸法,局部拼接法 |
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第三天
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基因组重测序与数据分析
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1、讲解基因组重测序的概念、目的与应用 2、结合实例讲解其原理、类据类型与格式、操作流程、软件等相关知识 |
基因组重测序数据分析实例
(上机操作) |
1、对二代测序数据的解读 2、数据质量控制及数据过滤 3、使用BWA和Samtools进行数据比对并对比对结果进行可视化(重点讲解) 4、寻找SNP和Indel并进行注释(重点讲解) 5、寻找结构变异并对变异进行注释(重点讲解) |
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第四天
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转录组测序与数据分析
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1、转录组基本概况和技术发展简介 2、转录组技术流程及技术细节(重点讲解) 3、转录组应用案例 |
转录组数据分析实例
(上机操作) |
1、转录组数据准备和软件介绍及安装 2、转录组数据的比对(重点讲解) 3、表达量估计和分析(重点讲解) 4、后续功能分析简介 |
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第五天
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microRNA测序与数据分析
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1、microRNA目前的应用、发展历史以及microRNA的定义 2、microRNA的生物学过程(重点讲解) 3、microRNA的测序(重点讲解) 4、microRNA测序数据分析软件(重点讲解) 5、microRNA目前的挑战以及将来的研究前景 6、microRNA测序数据分析案例展示(重点讲解) 7、近期文献 |
microRNA数据分析实例
(上机操作) |
1、microRNA测序数据预处理(重点讲解) 2、测序数据长度分布计算 3、microRNA的预测(重点讲解) 4、microRNA碱基偏好性计算 5、microRNA靶标基因预测,结果提取、统计(重点讲解) |
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蛋白质组信息学平台及应用
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1、蛋白质鉴定的质量控制 2、非限制性蛋白质翻译后修饰鉴定 3、蛋白质定量分析 4、蛋白质组数据管理 5、案例分析 |
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