点击次数:1911 发布日期:2022/11/19 来源:华斯泰
日期
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时间
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授课题目
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授课内容
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12月24日
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9:00-12:00
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代谢组学研究技术与实践 |
1、代谢组学研究思路和流程,全局了解代谢领域新方向 1.1 代谢组学概述 1.2 代谢组学样本的采集、保存与制备的注意事宜 1.2 代谢组学的应用 2、代谢组学数据采集与预处理,决定数据统计结果的准确性 2.1 代谢组学相关平台介绍 2.2 常用软件和数据库介绍(数据采集、数据预处理、代谢物鉴定) 2.3 数据预处理与分析 3、基于SIMCA-P软件的代谢组学数据多元统计分析与实操 3.1 样本分类(PCA、PLS-DA、OPLS-DA) 3.2 差异变量筛选(S-plot、S+V-plot、VIP等) 3.3 常见图形结果解读 |
12:00-14:00
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午间休息
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14:00-17:00
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网络药理学研究技术与实践 |
4、网络药理学研究思路和流程 5、网络药理学数据分析与实操 5.1 化学成分的获取与筛选(Pubchem、TCMSP数据库、TCMID数据库、Swiss ADME数据库等) 5.2 中药化学成分靶点获取(TCMSP数据库、BATMAN-TCM数据库、Similarity Ensemble Approach (SEA)数据库、Swiss Target Prediction数据库、HIT2.0、HERB等) 5.3 疾病靶点富集数据库(DisGeNET数据库、GeneCards数据库、OMIM数据库等) 5.4 化合物与疾病靶点映射(韦恩图) 5.5 PPI网络分析(PPI网络构建、核心节点的筛选) 5.6 富集分析(DAVID数据库、Metascape 数据库、KOBAS数据库) 5.7 通路可视化分析工具(气泡图、柱状图) 5.8 靶点组织定位分析 5.9 网络图构建—Cytoscape(数据导入、节点关系的建立、节点属性计算、调整网络样式、筛选及过滤、网络图导出) |
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12月25日
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9:00-12:00
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代谢组学与网络药理学结合研究技术与实践 |
6、为什么要在网络药理学中结合中药代谢组? 7、代谢组学与网络药理学结合研究思路 8、代谢组学与网络药理学结合分析技术 8.1 代谢组学与网络药理学数据的获取(HMDB数据库、成分靶点获取、疾病靶点富集数据库、 代谢专属数据库) 8.2 代谢组学功能分析(富集分析、通路分析等) 8.3 代谢小分子网络关联分析(Metscape软件、OmicsNet数据库) 8.4 代谢物-代谢物网络的构建与分析 8.5 代谢组学与网络药理学功能层次关联分析 |
12:00-14:00
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午间休息 | ||
14:00-17:00
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文献解读及实例解析 |
9、文献解读:代谢组学与网络药理学结合的文章分析流程和套路 9.1 中药化学成分靶点与代谢小分子网络分析实例(Food Res Int. 2020, 136:109503) 创新点:采用Metscape软件对代谢组学发现的差异代谢物和中药成分的药物靶点关联,聚焦关键蛋白。 9.2 代谢组学与网络药理学功能层次关联分析实例(J Ethnopharmacol. 2021,264:113281. ) 创新点:采用功能富集工具分别对网络药理学和代谢组学数据进行关联,聚焦关键通路。 9.3代谢组学和网络药理关联分析实例(Comput Struct Biotechnol J. 2021, 19:1002-1013) 创新点:整合代谢组学和网络药理学,从代谢小分子网络和代谢组学功能分析出发,多维度聚焦关键通路和关键蛋白。 10、实例解析与练习 10.1 TCMSP数据库获取与筛选化学成分 10.2 Swiss Target Prediction数据库预测成分靶点 10.3 DisGeNET数据库获取疾病靶点 10.4 化合物与疾病靶点映射 10.5 PPI网络绘制 10.6 DAVID软件进行富集分析 10.7 Cytoscape工具绘制成分-靶点图 10.8 Metscape绘制代谢-酶网络关联图 |